生殖器疱疹可以造成转移性肺癌性泡疹、疱疹性脑炎、前列腺炎、直肠炎、慢性盆腔炎、脊椎神经根病症等一系列病发症。在爱滋病时兴的地域，此病还可提升HIV病毒性感染的危险因素。

　　一部分生殖器疱疹病毒感染HSV1很有可能经外展神经沿神经系统轴转到三叉神经节，HSV2则转入骶神经纤维长期性埋伏于神经元细胞内。如人体遭受外伤、高烧、皮肤过敏、月经等因素造成感柒和发作时，会高并发腰髓部神经损伤、脊髓炎，发生屁股及腿部放射性疼痛、膀光麻木等症。此外，生殖器疱疹常与别的性病如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒感染、尖锐湿疣、阴道念珠菌病、念珠菌等混和感柒，故在医治中应当予以高度重视。